公司新聞
熒光定量PCR是實(shí)驗(yàn)室中出鏡率非常高的一種技術(shù)手段。它通過(guò)在PCR體系中添加熒光基團(tuán)來(lái)顯示DNA產(chǎn)物的累積情況,從而達(dá)到對(duì)PCR過(guò)程進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)控的目的。并且可以通過(guò)數(shù)據(jù)分析計(jì)算出起始模板量,這就是“熒光定量”中“定量”一詞的來(lái)源。
熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)因?yàn)殪`敏度高所以經(jīng)常是差之毫厘謬以千里,所以在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,我們需要注意諸多細(xì)節(jié),謹(jǐn)慎操作。小伙伴們看到這里就要著急了,我怎樣才能做好qPCR實(shí)驗(yàn),拿到實(shí)驗(yàn)結(jié)果,發(fā)表高分文章,走上人生巔峰呢?
引物設(shè)計(jì)的好壞,關(guān)乎著擴(kuò)增效率的高低、產(chǎn)物特異性的與否。所以正確設(shè)計(jì)出引物是qPCR成功的步。
先,我們知道qPCR是特殊的PCR,所以,qPCR的引物設(shè)計(jì)要滿足一般PCR引物設(shè)計(jì)的原則,見(jiàn)下表。
除此之外,qPCR引物設(shè)計(jì)需要額外注意幾點(diǎn)。
1. 擴(kuò)增片段長(zhǎng)度:
擴(kuò)增效率隨著擴(kuò)增子長(zhǎng)度減小而增大,建議擴(kuò)增產(chǎn)物好在80-200bp的范圍,若產(chǎn)物小于75bp,擴(kuò)增子很難與引物二聚體區(qū)分開(kāi),若產(chǎn)物大于300bp,則會(huì)因?yàn)槊富罱档蛯?dǎo)致擴(kuò)增效率降低。如果你的擴(kuò)增產(chǎn)物因?yàn)閷?shí)驗(yàn)需求一定要在500-600bp的話,做qPCR實(shí)驗(yàn)時(shí)要選用三步法擴(kuò)增,不要用快速兩步法擴(kuò)增。
2. 區(qū)分isoform:
對(duì)于同一個(gè)基因名來(lái)說(shuō),可能會(huì)有不同的isoform。isoform指的是,對(duì)于同一個(gè)基因,它的mRNA有多種不同剪接方式,這個(gè)時(shí)候表達(dá)出來(lái)的的蛋白可能會(huì)有不同,所以小伙伴們?cè)谠O(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)的時(shí)候,一定要想清楚自己要做的是哪一個(gè)isoform。
舉個(gè)“栗子”:比如說(shuō)一個(gè)基因有四種不同的isoform,如果大家想要檢測(cè)的是四種不同剪接方式轉(zhuǎn)錄本之和,那么設(shè)計(jì)引物時(shí)就要針對(duì)這四個(gè)isoform的共有序列設(shè)計(jì)。如果只想檢測(cè)其中一種isoform,那就要在這個(gè)isoform與其他三個(gè)isoform的不同序列位置設(shè)計(jì)引物。
3. 跨內(nèi)含子設(shè)計(jì)引物:
跨越內(nèi)含子設(shè)計(jì)引物可以區(qū)分并且規(guī)避基因組DNA污染。設(shè)計(jì)引物時(shí)需要讓一端或兩端引物跨越內(nèi)含子,以人基因組來(lái)說(shuō),平均每個(gè)基因有8.8個(gè)外顯子和7.8個(gè)內(nèi)含子,80%的外顯子長(zhǎng)度小于200bp,少于10%的內(nèi)含子長(zhǎng)度在1100bp以上,不到0.01%的內(nèi)含子長(zhǎng)度小于20bp。(Sakharkar MK et al. Distributions of exons and introns in the human genome[J].In Silico Biol. 2004;4(4):387-93.)例如外顯子長(zhǎng)度200bp,為了兼顧擴(kuò)增子長(zhǎng)度,我們可以把上游引物設(shè)置在外顯子1和外顯子2的中間,下游引物設(shè)置在外顯子2的位置。
請(qǐng)輸入要搜索的關(guān)鍵詞
上海遠(yuǎn)慕生物科技有限公司:細(xì)胞凍存液,氨芐青霉素溶液,人白介素ELISA試劑盒,大鼠ELISA試劑盒,小鼠ELISA試劑盒,顯色試劑盒,新生牛血清,標(biāo)準(zhǔn)胎牛血清,牛血清白蛋白溶液,小鼠血漿,雞紅細(xì)胞,透明質(zhì)酸酶溶液,微生物培養(yǎng)基,胰蛋白酶儲(chǔ)存液,兩性霉素B溶液,LB冷凍緩沖液,ABTS試劑,磷酸酶抑制劑,EB緩沖液,熒光染色試劑盒,肥大細(xì)胞染色液,人源基因質(zhì)粒,胡蔓藤堿乙標(biāo)準(zhǔn)品,番茄紅素標(biāo)準(zhǔn)品,Pd-C-II標(biāo)準(zhǔn)品,知母皂苷E標(biāo)準(zhǔn)品,穿刺培養(yǎng)基,puc19質(zhì)粒,CPD抗凝劑,熒光抗體稀釋液
地址:上海市嘉定區(qū)曹安公路5588號(hào) 電話:021-58999639 傳真:021-58999639 技術(shù)支持:阿儀網(wǎng) 總訪問(wèn)量:7290548