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RNA結(jié)合蛋白在轉(zhuǎn)錄后的剪接加工、修飾、轉(zhuǎn)運、細(xì)胞定位、穩(wěn)定性、翻譯和降解等RNA代謝過程中發(fā)揮著重要的調(diào)控功能，但其在轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控功能和機(jī)制尚未有系統(tǒng)的研究。

來自武漢大學(xué)醫(yī)學(xué)研究院，加州大學(xué)圣地亞哥分校的研究人員發(fā)表了題為“Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-based Regulation of Transcription”的文章，通過ChIP-seq（染色質(zhì)免疫沉淀測序）技術(shù)大規(guī)模檢測了63個有細(xì)胞核定位的RNA結(jié)合蛋白與染色質(zhì)的相互作用，意外地發(fā)現(xiàn)約60%的RNA結(jié)合蛋白與染色質(zhì)有廣泛的相互作用，并且富集在基因啟動子和增強(qiáng)子區(qū)域。

這一研究發(fā)現(xiàn)公布在6月27日的Cell雜志上，文章的通訊作者為武漢大學(xué)醫(yī)學(xué)研究院、免疫與代謝前沿科學(xué)中心肖銳研究員（同為作者）與美國加州大學(xué)圣地亞哥分校（UCSD）付向東教授。
 

研究人員通過ChIP-seq（染色質(zhì)免疫沉淀測序）技術(shù)大規(guī)模檢測了63個有細(xì)胞核定位的RNA結(jié)合蛋白與染色質(zhì)的相互作用，發(fā)現(xiàn)約60%的RNA結(jié)合蛋白與染色質(zhì)有廣泛的相互作用，并且富集在基因啟動子和增強(qiáng)子區(qū)域。
 

更令人驚訝的是，該研究雖然只檢測了人類基因組中一小部分的RNA結(jié)合蛋白（<5%），卻發(fā)現(xiàn)約40%的活性染色質(zhì)區(qū)域和約70%的活性啟動子區(qū)域都存在RNA結(jié)合蛋白的特異性結(jié)合，這提示RNA結(jié)合蛋白在染色質(zhì)水平存在著廣泛的功能和作用。隨后，通過GRO-seq（Global Nuclear Run-On測序）實驗證實，部分RNA結(jié)合蛋白具有強(qiáng)烈的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用。
 

這項研究還重點闡釋了RNA結(jié)合蛋白RBM25通過調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子YY1與染色質(zhì)的結(jié)合，進(jìn)而調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄激活與抑制的分子機(jī)制，全面展示了特異性的RNA結(jié)合蛋白介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄因子YY1的功能調(diào)控作用。整個發(fā)現(xiàn)提出了RNA結(jié)合蛋白作為轉(zhuǎn)錄因子或輔助因子調(diào)控轉(zhuǎn)錄的新概念，也開辟了RNA結(jié)合蛋白功能研究的新領(lǐng)域。