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WB 條帶大小和蛋白預測八字不合?先檢查這 5 點!
閱讀次數(shù):885 發(fā)布時間:2019/3/7 14:06:00
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WB 實驗是各位童鞋們,時常光顧的一個實驗。但就是這樣一個初級又常用的實驗,卻會出現(xiàn)各種稀奇古怪的問題。

比如在 WB 實驗鑒定蛋白時,我們得到的蛋白質條帶大小常常會和預測值有所偏差。


這下面的 5 條準則,在遇到蛋白質條帶大小和預測值偏差的時候,拿出來分析一下。

我們可以對照著這張圖來看原因。


下面就來詳細地講解一下這 5 條具體是個啥。

當我們做 WB 實驗鑒定蛋白的時候,*喜歡看到的是這樣的條帶:


但通常,自己做出來的,就會變成這樣:

是生活對我們這些實驗小可愛下手了嗎?
還是水逆沒過去?
為什么 WB 跑了這么多次,
都和預測差了這么多?

當然不是那些玄學流原因啦。讓我們科學地分析一下到底是哪里出了問題。

內(nèi)源性蛋白 or 重組蛋白

查問題要從源頭查起,所以各位艾粉們要先看一看樣品是內(nèi)源性蛋白還是重組蛋白?

如果是內(nèi)源性蛋白還不打緊,如果是重組蛋白,那么馬上就要看一看重組蛋白是否為全長序列了。假如樣品是重組蛋白,還不是全長序列,那么條帶大小一定會和預測大小不一致。

多個 isoform 辨仔細

如果確定了樣品是內(nèi)源蛋白,那就要看看我們的目標蛋白是不是有其他的 isoform,這個我們通常會去查看 NCBI 或者 SWISSPROT 來確認。


▲ SWISSPROT 會標出有些基因有多種 isoform

做著實驗,結果換了別的 isoform 可就一頓瞎忙活啦。

剪切活化要注意

如果在 SWISSPROT 或者權威的文獻里提到了,樣品的這個蛋白需要剪切活化,那么結果又要和預測值不同啦。

成倍增長多聚體

如果蛋白大小和預測值有明顯倍數(shù)關系,那就要考慮一下這個蛋白是不是二聚體或者多聚體啦。

蛋白修飾要變大

如果排除了以上 4 條原因,預測值和實驗結果不一致,那就是因為我們面對的蛋白質,是個善變的對象,它不僅會剪切活化,還有在翻譯表達后修飾。

比如:比如甲基化、乙;、磷酸化、糖基化、烷基化、生物素化、谷氨酸化、甘氨酸化、硫酸化、異.戊二烯化、硫辛酸化、磷酸泛酰巰基乙.胺基化……balabala。

在不同狀態(tài)下的蛋白質還會有不同的修飾。加入了官能團肯定會讓蛋白質比預測值偏大。在日常的實驗中,糖基化是比較常見的修飾,一般會導致跑出來的條帶比預測值大那么一些。

▲ SWISSPROT 會給出蛋白質修飾位點信息,各個都有支持依據(jù)哦~

*后再總結一下。

當 WB 大小和預測值不一致時:

1. 確定蛋白是內(nèi)源的還是外源的,如果是外源蛋白是不是全長序列;

2. SWISSPROT 數(shù)據(jù)庫查詢該蛋白是否有其他 isoform;

3. SWISSPROT 和文獻查詢蛋白質是否有剪切活化,剪切活化造成蛋白變;

4. 確定蛋白質是否是二聚體或多聚體。

5. NCBI 和 SWISSPROT 查詢蛋白質表達后是否有修飾,如有修飾會導致蛋白質增大;

以上就是遠慕生物給出的 5 條小貼士,拿去分析下自己的條帶問題絕對是綽綽有余了。如果用過了這 5 條,還是沒找到問題在哪里,那就要回過頭看看是不是預測不準或者實驗出錯啦。
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