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技術(shù)文獻(xiàn)

PCR常見異常擴(kuò)增曲線問題解決方法
閱讀次數(shù):351 發(fā)布時間:2024/5/29 11:43:49
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PCR擴(kuò)增過程中,每一輪循環(huán)均檢測一次熒光信號的強(qiáng)度。隨著反應(yīng)循環(huán)次數(shù)的不斷增加,所擴(kuò)增的目的基因片段呈指數(shù)規(guī)律增長,反應(yīng)中產(chǎn)生的熒光信號強(qiáng)度與PCR產(chǎn)物的數(shù)量呈正比。儀器實時檢測和采集的熒光信號,隨著時間和循環(huán)數(shù)的不斷增加,產(chǎn)生一條反映實時熒光信號強(qiáng)度變化的曲線,稱為擴(kuò)增曲線。擴(kuò)增曲線以循環(huán)數(shù)為橫坐標(biāo),熒光強(qiáng)度為縱坐標(biāo)。

異常狀態(tài)擴(kuò)增曲線

1、擴(kuò)增曲線抬升,與閾值線相交產(chǎn)生了CT值

原因分析

① 軟件在進(jìn)行基線自動扣除的時候出現(xiàn)錯誤,引起了擴(kuò)增曲線抬升;

② 選用的耗材、試劑或者操作的原因,導(dǎo)致背景熒光信號有所波動,造成反應(yīng)孔的自動基線扣除錯誤;

③ 探針濃度過高,體系中有熒光物質(zhì)污染,擴(kuò)增效率低。

解決方案

① 采取手動調(diào)整基線的方法,重新定義基線即可正常(即將基線起點改為熒光信號穩(wěn)定的循環(huán)數(shù),基線終點設(shè)置成擴(kuò)增曲線起峰的一個循環(huán)數(shù));

② 重新提取樣本、重新配置試劑(可采用不同廠家試劑檢測),注意人員操作;

③ 稀釋模板重新擴(kuò)增。

2、擴(kuò)增曲線不平整,有向上或者向下的尖峰

原因分析

① 儀器不穩(wěn)定導(dǎo)致的擴(kuò)增曲線異常(也可能突然停電或者電壓不穩(wěn));

② 尖峰向下,可能是鹵素?zé)衾匣掳l(fā)射光源不穩(wěn)定(指鹵鎢燈光源的激發(fā)器);

③ 尖峰向上,考慮儀器或者孔位問題,還要考慮反應(yīng)體系是否存有氣泡。

解決方案

① 檢查儀器性能,檢查實驗室電壓情況;

② 定期儀器保養(yǎng)維修,避免配件老化問題出現(xiàn);

③ 檢查問題孔位,排除孔位問題;

④ 配制反應(yīng)體系,分裝避免產(chǎn)生大量氣泡,模板加完,微孔板離心再擴(kuò)增。

3、擴(kuò)增曲線末尾起跳

原因分析

① 陰性對照曲線末尾起跳,表示存在交叉污染;

② 復(fù)檢樣本,排除非特異性擴(kuò)增的可能性;

③ 正常樣本曲線末尾起跳,懷疑模板存在交叉污染;或者樣本濃度低、加樣量不準(zhǔn)確導(dǎo)致擴(kuò)增效率低;

④ 所用的試劑設(shè)計不合理,或存在交叉污染,或操作環(huán)境中有氣溶膠造成污染。

解決方案

① 檢查陰性對照是否存在污染;

② 復(fù)檢樣本,如果復(fù)檢后曲線為陰性直線則說明之的末尾起跳為非特異性擴(kuò)增,如果復(fù)檢后曲線與樣末尾起跳則表示該樣本中待檢病毒核酸的濃度偏低;

③ 更換試劑,建議使用不同廠家試劑比對;

④ 對操作環(huán)境進(jìn)行處理或更換新的環(huán)境、加樣器、槍頭以及所有的引物、試劑等。

4 、擴(kuò)增曲線分布混亂

原因分析

熒光波長范圍存在重疊,影響PCR檢測通路采集熒光信號。

解決方案

進(jìn)行熒光補(bǔ)償,再分析可正常。

5、擴(kuò)增曲線擴(kuò)增不完整

原因分析

① 模板污染導(dǎo)致降解,或者樣本濃度低、加樣量不準(zhǔn)確導(dǎo)致擴(kuò)增效率低;

② 模板濃度太高,或者存在抑制成分;

③ 熒光染料濃度低,或者儀器問題熒光收集異常;

④ Taq酶無活性或活性降低;

⑤ 試劑配制沒充分混勻,分裝不均勻。

解決方案

① 重新提取樣本,排除提取效率變低、加樣量不足等因素;

② 稀釋模板,重新擴(kuò)增;

③ 檢查試劑,更換新試劑,雙試劑檢測;

④ 試劑配制充分混勻,分裝準(zhǔn)確;

⑤ 檢查儀器。

6、擴(kuò)增曲線壓低

原因分析

① 模板濃度太高;

② 試劑問題,限制PCR反應(yīng)速率和性能。

解決方案

① 稀釋模板,重新擴(kuò)增;

② 檢查試劑,更換新試劑,雙試劑檢測。

7、擴(kuò)增曲線邊下降,后邊正常

原因分析

PCR期過程中,試劑和模板沒有得到充分的混勻,導(dǎo)致信號的不穩(wěn)定,反應(yīng)幾個循環(huán)之后,模板和反應(yīng)液開始混勻,熒光信號就變得穩(wěn)定。

8、內(nèi)參基因擴(kuò)增曲線未起

原因分析

① 試劑配制沒充分混勻,分裝不均勻,有效成分低;

② 模板提取失敗,或者污染降解;

③ 采樣不準(zhǔn),沒有樣本。

解決方案

① 檢查試劑,更換新試劑,雙試劑檢測;試劑配制充分混勻,分裝準(zhǔn)確;

② 重新提取樣本;

③ 重新采樣檢測。

9、標(biāo)準(zhǔn)曲線異常,線性關(guān)系不佳R2<0.9

原因分析

① 標(biāo)準(zhǔn)品加樣誤差,標(biāo)準(zhǔn)品出現(xiàn)降解;

② 模板中存在抑制物;

③ 試劑缺陷,引物或探針不佳,重新設(shè)計。

解決方案

① 充分混勻標(biāo)準(zhǔn)品;

② 使用新的標(biāo)準(zhǔn)品;

③ 檢查耗材,更換試劑,避免環(huán)境存在抑制物。

10、擴(kuò)增曲線變形

原因分析

① PCR反應(yīng)板封膜不嚴(yán)或質(zhì)量不好,在PCR過程中受到水蒸氣的影響;

② 反應(yīng)體系或模板存在抑制物。

解決方案

① PCR反應(yīng)板封膜壓實,選擇配套耗材,有瑕疵的及時更換;

② 重新提取,重新配制試劑再檢測;

③ 復(fù)檢樣本。

11、擴(kuò)增曲線不平,與基線相切

原因分析

① 10個循環(huán)左右開始有抬高趨勢,一般15個循環(huán)的熒光信號作為熒光本底信號,此時反應(yīng)體系和模板處于不穩(wěn)定狀態(tài);

② 基線自動扣除的時候出現(xiàn)錯誤,引起了擴(kuò)增曲線抬升;

③ 反應(yīng)體系不均一,干擾熒光信號采集。

12、擴(kuò)增曲線先抬高再降低

原因分析

嚴(yán)重的蒸發(fā)會呈現(xiàn)先上升后下降的曲線,輕微的蒸發(fā)會是一種緩慢的上升,這類異常曲線可檢查檢測后的反應(yīng)管液面是否有下降的現(xiàn)象來證明。

解決方案

上機(jī)檢測檢查96微孔板封膜完好,保/證無縫隙后上機(jī)擴(kuò)增。

原創(chuàng)作者:上海遠(yuǎn)慕生物科技有限公司

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