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沙門氏菌病

沙門氏菌包括兩種，即S. bongori和S. enterica。后者是種類，具有大量亞種和血清型，導致比巴西和全世界任何其他物種更多的食源性感染。人和動物腸道是這種病原體的主要天然宿主，家禽，豬肉和相關食品是主要的傳播媒介。腸道沙門氏菌的六個亞種細分為2,600個血清型。血清型(血清學變體的縮寫)是細菌或病毒種類中的明顯變異，其特征在于具有相同數量的特異性表面抗原。

從流行病學的角度來看，腸道沙門氏菌*重要的亞種是腸道沙門氏菌亞種，它引起食源性感染，稱為沙門氏菌病。癥狀是腹瀉，發(fā)燒，胃痙攣和嘔吐。

S. entericasubsp。腸桿菌是2000年至2015年巴西報告的31,700例沙門氏菌病的主要原因。該亞種*常分離的血清型是鼠傷寒沙門氏菌和腸炎沙門氏菌。腸炎沙門氏菌是引起沙門氏菌病的主要血清型。它首先傳播于20世紀90年代在歐洲開始的大流行。鼠傷寒沙門氏菌是大流行前*常見的血清型，并繼續(xù)引起感染。
 

據Almeida稱，該研究中分析的所有90個菌株屬于鼠傷寒沙門氏菌。FCFRP-USP的另一位研究員(也在該大學的臨床，毒理學和色譜分析實驗室工作)目前正在測序和分析含有血清型腸炎沙門氏菌的樣品。

Almeida于2015年將90株鼠傷寒沙門氏菌帶到了美國。“他們的基因組在馬里蘭州食品安全和應用營養(yǎng)中心的研究員Marc W. Allard的監(jiān)督下進行了測序，”他說。鼠傷寒沙門氏菌的基因組含有470萬個堿基對。簡要反思告訴我們，該研究產生了大量數據，更具體地說是4.23億個堿基，對應于90個基因組的總和。

回到RibeirãoPreto后，Almeida與Seribelli合作，對各種菌株的基因組進行了比較分析，以了解它們的多樣性和它們之間的進化關系。

根據Almeida的說法，所使用的技術是使用SNP進行高通量基因分型(發(fā)音為“snips”和單核苷酸多態(tài)性的簡稱)，這使他們能夠通過DNA測序鑒定每個菌株的遺傳組成(基因型)。SNP是遺傳變異的*常見標記。系統(tǒng)發(fā)育結果將90株鼠傷寒沙門氏菌分為兩組，A組和B組。

“從食物中采集的樣本組與從人類采集的樣本不同，”Seribelli解釋說。“食物分離物以相對相似的數量分布在A組和B組之間，這表明在巴西的食物中有不止一種亞型流行。人類分離株在B組中更為普遍，這表明特定的亞型可能適應了人類。”

在由FAPESP資助的研究的另一個重要部分中，科學家測量了90種菌株中每種菌株的抗生素耐藥性。根據該研究，65株(72.2%)的菌株證實對磺胺類藥物有抗藥性，44例(48.9%)對鏈霉素，27例(30%)為四環(huán)素，21例(23.3%)為慶大霉素，7例(7.8%)為頭孢曲松，頭孢菌素抗生素。

抵抗的起源

對SNP的分析鑒定了39種對不同類別的抗微生物或抗生素具有抗性的基因，例如氨基糖苷，四環(huán)素，磺胺，甲氧芐啶，β-內酰胺，氟喹諾酮，苯酚和大環(huán)內酯。在一些基因中也發(fā)現了點突變，例如gyrA，gyrB，parC和parE。

“令人驚訝的是，鼠傷寒沙門氏菌對抗生素具有抗藥性，可用于治療這種疾病，”Seribelli說。“這些藥物可供醫(yī)生用于對抗表現出抗藥性的感染。當微生物未被患者的免疫系統(tǒng)殺死時，它們是第二道防線，因為沙門氏菌病通常是自限性的，不需要使用抗生素。主要問題是當這種情況失敗并且細菌變得具有侵入性。“

吸引科學家注意的另一點是30年樣本采集期間菌株的抗性差異。“20世紀90年代中期收集的鼠傷寒沙門氏菌的樣本顯示出比晚年樣本對抗生素的抗性更強。這可以通過20世紀90年代早期出現的血清型腸炎沙門氏菌來解釋，后者已成為主要的一種。沙門氏菌感染的原因，“塞里貝利說。腸炎沙門氏菌自20世紀50年代以來就已為人所知，但有一段時間，它引起的疾病病例較少。這種情況從腸炎沙門氏菌大流行改變而來，該流行病始于20世紀80年代末和90年代初的歐洲，然后傳播到世界各地。

“從那以后，腸炎沙門氏菌一直是巴西和全世界*流行的血清型。因此，它是一種血清型，如果必要的話也可以與抗生素作斗爭，”Seribelli說。

根據Almeida的說法，鼠傷寒沙門氏菌仍然是巴西和世界范圍內從人類，動物和食物中分離出來的主要血清型。

自20世紀90年代中期的腸炎沙門氏菌大流行以來，與20世紀90年代以前的流行病相比，抗性菌株的數量明顯減少，但是這些菌株的毒力是否增加以使它們適應這一新的生態(tài)位是未知的。“這項研究的主要發(fā)現是在樣本中發(fā)現了大量的抗性基因，考慮到它們是從人類和食物中分離出來的。這表明當今巴西含沙門氏菌食物的污染風險非常大。對抗生素有抗藥性，“阿爾梅達說。

原創(chuàng)作者：上海遠慕生物科技有限公司