相信大家作為實驗小白,剛進實驗室時,學(xué)的個實驗就是提
質(zhì)粒。
想當年我們作為化學(xué)轉(zhuǎn)生物的研究生剛進實驗室時,覺得好酷炫的技術(shù),跟在師兄后面,認真的對每一步的步驟都做好筆記,后來才發(fā)現(xiàn)你自己不過是做了一份手寫版的說明書。
接下來的 N 年里,就是轉(zhuǎn)化,涂板,挑單克隆,搖菌,提質(zhì)粒,酶切,連接,好想能夠有一個提質(zhì)粒機器人,實現(xiàn)自動化生產(chǎn)。當我們習慣了省時省力,或許我們都已經(jīng)連提取的原理都已經(jīng)忘了。
那么如何避免成為一個機器人呢,我想不僅僅是要提的出質(zhì)粒,還要在出現(xiàn)問題時知道如何找到原因并解決,這樣你就可以被稱為人工智能,簡稱 AI。
質(zhì)粒是攜帶外源基因進入細菌中擴增或者表達的重要媒介,常用的方法有煮沸裂解法,堿提法等。而我們常用的 kit 是采用堿提法。
不同品牌的
試劑盒具體操作步驟可能不同,但這個萬變不離其宗,基礎(chǔ)知識點還是不變的。
菌體在強堿性條件下裂解,釋放出包括質(zhì)粒在內(nèi)的核酸,
蛋白等物質(zhì)。
當 pH 恢復(fù)中性時,共價閉合環(huán)狀質(zhì)粒 DNA 復(fù)性快,而線性的染色體 DNA 復(fù)性緩慢,細菌蛋白質(zhì)、破裂的
細胞壁和變性的染色體 DNA 會相互纏繞成大型復(fù)合物,而后者被十二烷基硫酸鹽包蓋。
當用鉀離子取代鈉離子時,復(fù)合物會從
溶液中有效地沉淀下來,離心除去變性劑后,就可以從上清中回收復(fù)性的質(zhì)粒 DNA。
未提出質(zhì);蛘叩寐瘦^低?
1、菌。用錯板子導(dǎo)致菌沒有長起(抗生素的種類和濃度)
搖過夜一不小心第二天忘記了此時多半菌液老化
2、堿裂解不充分。高速離心收菌倒掉上清后,能彈彈彈(彈不走魚尾紋)
3、溶液使用不當。看清哪些溶液應(yīng)加熱到一定的溫度才能使用;哪些又是應(yīng)該 加入醇之后使用
4、拷貝數(shù)較低或者菌體中無質(zhì)粒。低拷貝數(shù)載體常常導(dǎo)致質(zhì)粒 DNA 提取量過低;質(zhì)粒在某些菌體中經(jīng)過多次轉(zhuǎn)接可能出現(xiàn)丟失;
基因組 DNA 或蛋白質(zhì)污染!
1、加溶液 2 后不要劇烈搖晃,溶液 2 處理時間不能太久,一般顛倒 6-8 次即加溶液 3 中和,堿裂解時間過長容易產(chǎn)生基因組污染;
2、加溶液 3 后要混合充分,離心后取上清小心不要吸到白色沉淀;
3、不要使用過多菌體。溶液 P1、P2、P3 處理并離心后溶液應(yīng)為澄清的,如果還混有微小蛋白懸浮物,可再次離心。
不過我們也不能死搬硬套,也要學(xué)會融會貫通,舉一反三,當出現(xiàn)超出大綱范圍的題目如出現(xiàn) 15kb 的大型質(zhì)粒,這時要注意采用溫和的方法(溶菌酶法),因為劇烈的方法容易使它受到破壞。
俗話說的好,每日一提,強身健體。不過小提怡情,大提還需謹慎啊,當聽說曾經(jīng)發(fā)生過由于沒有配平而出現(xiàn)
離心機直接旋出甚至將天花板損壞的壯觀場景,你們能想象我如今坐在高速離心機旁邊的心情嗎,(幸好我買了保險)。
原創(chuàng)作者:上海遠慕生物科技有限公司