如何正確使用 Quantity One 進(jìn)行蛋白定量?_技術(shù)文章

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如何正確使用 Quantity One 進(jìn)行蛋白定量?
閱讀次數(shù)：724 發(fā)布時(shí)間：2018/8/13 10:14:40

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凝膠電泳是每個(gè)做分子生物學(xué)的研究者天天都要打交道的基本技術(shù)。電泳之后的信息處理與電泳本身同樣重要。

目前有大量軟件可以用于分析電泳結(jié)果，*備受推崇的應(yīng)該屬 Biorad 公司的 1D 凝膠分析軟件 Quantity One，其的優(yōu)點(diǎn)是可以完全拋棄人為主觀因素進(jìn)行全自動(dòng)定量，同時(shí)它的很多功能滲透了艱深的數(shù)理理論以及概率統(tǒng)計(jì)的原理。該軟件的*新版本可以在 Bio-Rad 的官網(wǎng)免費(fèi)下載，以供試用或用戶升級(jí)之用。

它的定量方式：
首先，根據(jù)不同電泳條帶的光密度值繪制光密度曲線，然后計(jì)算光密度曲線下的面積作為電泳條帶的定量根據(jù)；
其次，它能夠程度地排除不同泳道之間的背景差異，讓各個(gè)泳道上的不同電泳條帶在一條幾乎相同的起跑線上進(jìn)行對(duì)比。

執(zhí)行步驟：
由于 Quantiy One 只能識(shí)別黑白的 TIF 文件，且發(fā)表論文時(shí)，很多雜志也要求提供 TIF 等格式的圖片；
因此，建議大家從一開始掃描就統(tǒng)一存儲(chǔ)為 TIF 格式的圖片。
步驟主要分為四塊，分別是創(chuàng)建泳道、不同泳道的背景排除、創(chuàng)建條帶、高斯建模與結(jié)果分析。

注意：
從理論上來說「Rolling Disk Size」的取值越小，它的去除背景效果越好，當(dāng)然也不能取太小的值，個(gè)人感覺 5～20 是一個(gè)比較好的取值范圍。
我們可以對(duì)每條泳道依葫蘆畫瓢進(jìn)行以上類似的背景排除工作。但有時(shí)候如果覺得可以使用同樣的標(biāo)準(zhǔn)，即相同的「Rolling Disk Size」進(jìn)行排除，那么我們可以在「Lane Background Subtraction」對(duì)話框中選擇上方的「All Lanes On（same level）」選項(xiàng)。
然后在「Rolling Disk Size」中填上一個(gè)合適的值，點(diǎn)擊「Done」按鈕確認(rèn)就可以了。此時(shí)，該電泳圖片上的所有泳道都以相同的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行了背景去除。

原創(chuàng)作者：上海遠(yuǎn)慕生物科技有限公司